Kehtestatud ehitusprojekti alusel viib Majandusministeerium läbi riigipoolse maa omandamise raudtee rajamiseks. Projekt määrab raudtee ja selle toimimiseks vajalike rajatiste täpsed asukohad. Maa omandamisel lähenetakse igale juhtumile individuaalselt ja püütakse leida osapooli rahuldav kokkulepe.
Maa riigile omandamise menetlust alustades tellitakse litsentseeritud ja atesteeritud maa hindajalt eksperdihinnang vajaliku maa turuväärtuse leidmiseks. Läbirääkimiste käigus kuulatakse maaomanike selgitusi ja põhjendusi, tutvustatakse maa hindaja koostatud eksperdihinnangu sisu ning täpsustatakse maa omandamise tingimusi (hind, valduse üleandmise aeg, saagi koristamise ja metsa raiumise võimalus, muud tingimused). Läbirääkimiste käigus selguvad maaomaniku soovid ja omandamise tingimused. Kui maaomaniku soovid ja taotlused on põhjendatud ning maa omandamises jõutakse kokkuleppele, sõlmitakse notariaalselt tõestatud leping maa võõrandamiseks Eesti Vabariigile. Kõik maa omandamisega seotud kulutused (maamõõdutööd, müügilepingute notaritasud ja riigilõivud) tasub huvitatud pool ehk riik.
Kui läbirääkimised vabatahtlikuks võõrandamiseks ei anna soovitud tulemusi ning maaomanik keeldub maa võõrandamisest, on majandusministeeriumil õigus algatada sundvõõrandamismenetlus. Sundvõõrandamine toimub vastavalt seadusele ning selle viib läbi majandus- ja kommunikatsiooniministeerium. Sundvõõrandamise menetluse alustamisel saadetakse kinnisasja omanikule teade sundvõõrandamise taotluse esitamise kavatsusest. Omanikul on õigus esitada selle kohta vastuväiteid. Sundvõõrandamise taotlus saadetakse majandus- ja taristuministri kaudu Vabariigi Valitsusele, kelle pädevuses on sundvõõrandamise otsuse tegemine. Nimetatud otsus edastatakse tähitud kirjaga sundvõõrandatava kinnisasja omanikule ja piiratud asjaõiguste omajatele.
Pärast sundvõõrandamise tegemise otsust toimub kinnisasjade erakorraline hindamine, mida reguleerib Vabariigi Valitsuse 19.06.2001. aasta määrus nr 203 „Maa erakorralise hindamise kord”. Erakorralist hindamist viib läbi Maa-ameti väljastatud litsentsi omav maa hindaja koostöös kinnisasja asukohajärgse kohtutäituriga. Hindamine toimub sundvõõrandamise otsuse vastuvõtmise hetke seisuga.
Pärast erakorralist hindamist korraldab majandus- ja taristuminister kokkuleppemenetluse, mille eesmärgiks on kokkuleppe sõlmimine omanikuga. Kokkulepe hõlmab sundvõõrandatava kinnisasja eest makstavat sundvõõranditasu ja teistele isikutele sundvõõrandamisega tekitatud kahju hüvitamise suurust ning maksmise ja kinnisasja valduse üleandmise tingimusi. Kokkuleppemenetluses on kinnisasja omanikul ja teistel isikutel õigus teatada sundvõõrandamisega tekitatud kahjudest, mis ei kajastu erakorralise hindamise käigus koostatud hindamisaktis.
Juhul, kui kinnisasja omanik ei ole sundvõõranditasu ja hüvitise määramise otsusega nõus, on tal õigus see kohtus vaidlustada.
Vaata Maa-ameti lehelt Rail Balticu trassi