Rail Baltica projekti raames on toetuse saajateks kolme Balti riigi ministeeriumid: Eesti Kliimaministeerium, Läti Transpordiministeerium ning Leedu Transpordi- ja Kommunikatsiooniministeerium.
2014. aastal asutasid ministeeriumid ühisettevõtte RB Rail AS, mis on põhikoordinaator raudtee ehitamisel ja Rail Balticu projekti arendamisel. RB Rail ASi aktsiad on jaotatud võrdselt Eesti OÜ Rail Baltic Estonia, Läti SIA Eiropas Dzelzceļa Līnijas ja Leedu UAB Rail Baltica Statyba vahel.
Rail Baltica projekti elluviivad riiklikud asutused Eestis, Lätis ja Leedus vastutavad projekti teostamise eest oma koduriigis ning on ühtlasi ka RB Rail ASi aktsionärideks. Eestis on selliseks ettevõtteks Rail Baltic Estonia OÜ, Lätis Eiropas Dzelzceļa līnijas SIA ning Leedus Rail Baltica Statyba UAB ja Lietuvos Geležinkeliai JSC.
