Rail Baltica kiirraudtee rajamisse on kaasatud mitmed asutused, kelle vahel ülesanded jaotatud on. Selgituseks olgu toodud, et põhiprojekteerimisega tegeleb Rail Baltica ühisettevõte Rail Baltic Rail,
ristumiste ehitamisega Rail Baltic Estonia tihedas koostöös Transpordiameti ja kohalike omavalitsustega ning maade omandamine on Maa-ameti ülesanne.
Rail Baltica projekteerimise ja ehitamisega seotud küsimustes Harju, Rapla ja Pärnu maakonnas on kontaktid välja toodud alljärgnevalt.