Rail Baltica raudteele kavandatakse Eesti territooriumil kokku 14 peatust. Kui kohalike peatuste täpse asukoha kinnitamise ja muude detailide osas arutelud kohalike omavalitsustega endiselt käivad, siis rahvusvaheliste peatuste asukohad on paigas ning nende projekteerimisegagi juba alustatud.
Kõige kaugemale on tänaseks jõutud RB Pärnu rahvusvahelise terminali arendamisega, mille eelprojekt valmis augustis ning lõplik projekt antakse üle 2021. aasta veebruari lõpus.
Uue terminali eelprojekti autoriteks on Arhitektuuribüroo PLUSS arhitektid Indrek Allmann, Jaan Jagomägi ja Tanno Tammesson. „Water Strider“ (vesikirp) nime kandvat ideed kirjeldab arhitekt Indrek Allmann järgmiselt: „Rail Baltica terminalist saab Pärnu uus märgiline värav, mis paigutab Pärnu justkui kahe naaberpealinna südamesse korraga. Dominantne ning linnapildis visuaalselt kergesti leitav, justkui raudtee kohal hõljuv terminalihoone ühendub ümbritsevaga peenete galeriisildade abil. Tõstetud vorm rõhutab kiirete rongide liikumisesest tekkivat dünaamikat ning pakub külastajatele vaateid jõele, pargile ja ümbritsevale linnaruumile.“
Rail Baltic Estonia juhatuse esimehe, Tõnu Grünbergi, sõnul on Rail Baltica rahvusvaheline reisiterminal Pärnus esimene nii mahukas objekt, mida Rail Baltica projektis ehitama hakatakse. „Ehitushanke tahame välja kuulutada järgmise aasta aprillis ning ehitustöödega võiks algust teha seega juba septembris ehk täpselt aasta pärast,“ lisas Grünberg.
Tulevases jaamahoones on lahendatud klassikalised terminali kasutusvajadused nagu ooteruumid, piletikassa ja toitlustus. Terminalihoonesse on planeeritud 90 istekohaga ootesaal, samuti kohvik, infopunktid ja muid vajalikke funktsioone kandvad ruumid.
Lisaks rahvusvaheliseks liikluseks mõeldud RB Ülemiste ja Pärnu terminalile kavandatakse Rail Balticale Eestisse ka 12 kohalikku peatust. Kohalikud peatused: Assaku, Luige, Saku, Kurtna, Kohila, Rapla, Järvakandi, Kaisma, Tootsi, Kilksama, Surju ja Häädemeeste.